После поражения Шиннока Темный Рейден планирует защищать Земное Царство, уничтожая всех его врагов и обезглавливает Шиннока как символ. Этот последний поступок вдохновляет Кронику, хранительницу времени, переписать историю, чтобы отменить вмешательство Рейдена и стереть его из времени. Два года спустя ударная группа спецназа, возглавляемая Соней Блейд, Кэсси Кейдж и Джеки Бриггс, при содействии Рейдена атакует Преисподнюю. Команде удается разрушить храм в Преисподней ценой жизни Сони. Сразу после этого Кроника заключает союз с ревенантами и правителями Преисподней, Лю Каном и Китаной.
Тем временем Коталь Кан, нынешний император Внешнего Мира, пытается казнить Коллектора, соратника Шао Кана, но ему мешает временной шторм, который приносит Шао Кана, Скарлет, Бараку и младшие версии Кано, Эррона Блэка, Джейд, Рейдена, Китаны, Лю Кана, Джонни Кейджа, Сони, Джакса, Скорпиона, Кабала и Кун Лао из прошлого, а также стирает Темного Рейдена. В Колизее Коталя разгорается битва, пока Ди'Вора не переправляет Бараку, Коллектора, Скарлет, Шао Кана, Блэка и Кано в свой улей, где их вербует Кроника.
Лю Кан, Кун Лао и Рейден появляются в штаб-квартире Спецназа после заключения союза с Коталем, в то время как Джейд и Китана помогают Китаю защитить Внешний Мир от сил Кроники. Лю Кан и Кун Лао исследуют Академию Ву Ши и сталкиваются с Герасом, правой рукой Кроники. Их битва заканчивается тем, что Герас использует свои хронокинетические способности, чтобы сбежать с мощными энергетическими капсулами, содержащими жизненную силу Земного Царства.
Спецназ узнает, что Сектор при поддержке Нуб Сайбота и кибернетизированной Фрост восстановил Кибер Лин Куэй, чтобы создать для Кроники армию киборгов из похищенных воинов Лин Куэй. Грандмастеры Саб-Зиро и Ханзо Хасаши с помощью Сайракса уничтожают фабрику Сектора, вынудив Гераса, Блэка и обе версии Кано отступить в крепость Кроники, где они возрождают Сектора и сами перестраивают армию киборгов.
Тем временем Рейден советуется со Старшими Богами. Они не могут вмешаться, поскольку шторм времени истощает их силы, но сестра-близнец Шиннока, Цетрион, дает ему подсказку, как можно победить Кронику. Во время более поздней попытки Рейден обнаруживает, что Цетрион предала и убила остальных Старших Богов, чтобы служить своей матери Кронике. Коталь и Джейд отправляются в лагерь таркатанов, чтобы попросить их о помощи в борьбе с Шао Каном, но ненависть Коталя к таркатанам заставляет Джейд сразиться с ним, рассказывая чего появляется Шао Кан и берет его в плен.
База Спецназа уничтожена бандой «Черный Дракон» и кибернетической армией Кроники, младшие Джонни и Соня захвачены в плен, старший Джонни ранен, а Сектор при этом самоуничтожается. Из-за этого, а также из-за разрушения храма Лин Куэй и Академии Ву Ши, герои Земного Царства собираются в Огненном саду Хасаши. Кэсси возглавляет ударную группу, чтобы спасти своих родителей, в то время как Соня убивает младшего Кано, чтобы стереть его нынешнюю версию. Тем временем Китана, Лю Кан и Кун Лао сражаются с Баракой, чтобы заключить союз между ним и Шивой. С их помощью Китана успешно побеждает и ослепляет Шао Кана, объединяет фракции Внешнего Мира и наследует трон от Коталя.
Тем временем Коталь Кан, нынешний император Внешнего Мира, пытается казнить Коллектора, соратника Шао Кана, но ему мешает временной шторм, который приносит Шао Кана, Скарлет, Бараку и младшие версии Кано, Эррона Блэка, Джейд, Рейдена, Китаны, Лю Кана, Джонни Кейджа, Сони, Джакса, Скорпиона, Кабала и Кун Лао из прошлого, а также стирает Темного Рейдена. В Колизее Коталя разгорается битва, пока Ди'Вора не переправляет Бараку, Коллектора, Скарлет, Шао Кана, Блэка и Кано в свой улей, где их вербует Кроника.
Лю Кан, Кун Лао и Рейден появляются в штаб-квартире Спецназа после заключения союза с Коталем, в то время как Джейд и Китана помогают Китаю защитить Внешний Мир от сил Кроники. Лю Кан и Кун Лао исследуют Академию Ву Ши и сталкиваются с Герасом, правой рукой Кроники. Их битва заканчивается тем, что Герас использует свои хронокинетические способности, чтобы сбежать с мощными энергетическими капсулами, содержащими жизненную силу Земного Царства.
Спецназ узнает, что Сектор при поддержке Нуб Сайбота и кибернетизированной Фрост восстановил Кибер Лин Куэй, чтобы создать для Кроники армию киборгов из похищенных воинов Лин Куэй. Грандмастеры Саб-Зиро и Ханзо Хасаши с помощью Сайракса уничтожают фабрику Сектора, вынудив Гераса, Блэка и обе версии Кано отступить в крепость Кроники, где они возрождают Сектора и сами перестраивают армию киборгов.
Тем временем Рейден советуется со Старшими Богами. Они не могут вмешаться, поскольку шторм времени истощает их силы, но сестра-близнец Шиннока, Цетрион, дает ему подсказку, как можно победить Кронику. Во время более поздней попытки Рейден обнаруживает, что Цетрион предала и убила остальных Старших Богов, чтобы служить своей матери Кронике. Коталь и Джейд отправляются в лагерь таркатанов, чтобы попросить их о помощи в борьбе с Шао Каном, но ненависть Коталя к таркатанам заставляет Джейд сразиться с ним, рассказывая чего появляется Шао Кан и берет его в плен.
База Спецназа уничтожена бандой «Черный Дракон» и кибернетической армией Кроники, младшие Джонни и Соня захвачены в плен, старший Джонни ранен, а Сектор при этом самоуничтожается. Из-за этого, а также из-за разрушения храма Лин Куэй и Академии Ву Ши, герои Земного Царства собираются в Огненном саду Хасаши. Кэсси возглавляет ударную группу, чтобы спасти своих родителей, в то время как Соня убивает младшего Кано, чтобы стереть его нынешнюю версию. Тем временем Китана, Лю Кан и Кун Лао сражаются с Баракой, чтобы заключить союз между ним и Шивой. С их помощью Китана успешно побеждает и ослепляет Шао Кана, объединяет фракции Внешнего Мира и наследует трон от Коталя.
